De fleste IVF-medisinene tolereres godt, og gir lite eller milde bivirkninger, men det er store variasjoner fra kvinne til kvinne. De som bruker nesespray (lang protokoll) vil nok oppleve flere bivirkninger enn de som bruker kort protokoll. Noen opplever humørsvingninger, lett ømhet i magen eller hodepine. Dette er heldigvis ikke et stort problem for de aller fleste.